さて、
未知のDNAの塩基配列を決定するために、その塩基配列に相補的な鎖の伸長反応を起こさせるため、実験系は４系列行う。
①DNAの素材である普通のdATP（デオキシアデノシン三リン酸）、dTTP、
ｄGTP,ｄCTPの他に、意図的にddATP（ジデオキシアデノシン三リン酸）
を加える実験系
②dATP、dTTP,ｄGTP,ｄCTPの他に意図的にddTTPを加える実験系
③dATP,dTTP,dGTP,dCTPの他に意図的にddGTPを加える実験系
④dATP,dTTP,dGTP,dCTPの他に意図的にddCTPを加える実験系
この結果、各実験系では
「配列を調べたい鎖」の
「T」の位置に相当する長さのddAで止った長さの鎖【実験系①】
「A」の位置に相当する長さのddTで止った長さの鎖【実験系②】
「C]の位置に相当する長さのddGで止った長さの鎖【実験系③】
「G]の位置に相当する長さのddCで止った長さの鎖【実験系④】
ができます。
それぞれの系列のDNA断片を別々のレーンで電気泳動くすると、各長さの断片のバンドができ、それを順に調べていくと青で表記したように
「伸長した鎖」の配列が決定できます。
その相補的塩基を考えると求めたい鎖の塩基配列が決定できます。
（類似の方法で、A、AまたはG、C、CまたはTの4系列を調べるマクサムギルバート法という方法もあります）
昔はこのように４レーン電気泳動で分析してきたのですが、最近は各系列に蛍光色素をつけ、それを波長に違いで分析することにより、一系列の実験で塩基配列が決定できます。これがDNAシーケンサーでの分析方法です。
それぞれの系列のDNA断片を別々のレーンで電気泳動くすると、各長さの断片のバンドができ、それを順に調べていくと青で表記したように
「伸長した鎖」の配列が決定できます。
その相補的塩基を考えると求めたい鎖の塩基配列が決定できます。
（類似の方法で、A、AまたはG、C、CまたはTの4系列を調べるマクサムギルバート法という方法もあります）
昔はこのように４レーン電気泳動で分析してきたのですが、最近は各系列に蛍光色素をつけ、それを波長に違いで分析することにより、一系列の実験で塩基配列が決定できます。これがDNAシーケンサーでの分析方法です。